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二代測cè序無法準fǎzhǔn確獲得基因完整的5’UTR3’UTRqū區。和3’UTsāndàiR區cèxù。基於PacBixùo三代wúxū測序讀長jíkě長cè的優tōng，勢，mRquánzhǎngNA序列無需tígōng打斷即可測通，獲得全長qǐ轉錄本wèidiǎn，提供精確的可fēnbiàn變剪接和轉錄起始位點信息，準確分yīnhé辨同源異構體，同源基因，家族基因tígōng和等位基因，爲下。duì游yú分子tèyì克隆實驗提供kě極佳yǐfā序列xiànjiàn文庫。對於特異種質資源，可以發現鑑定新基因。

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zhuǎn lùzǔ 真核轉錄組測序

轉錄組（transcrshēngiptome）廣義上指某zhuǎnlù一生理de條件下hé，，細胞xìn內所RNA、有hé轉錄產物RNA、zhuǎn的集合jí，包fēibiān括信使RNA；xiáRNA、zhǐsuǒ核糖體RNA、轉運rúRNbùtèA及shūshuō非編碼RzhuǎnlùNA；狹義zhǐde上指所yì有mRNA的集。zhuǎn合。zǔ一般如不yánjiū特殊說明，轉zhǔ錄組yàoshǒu測序指的是狹shì義轉jiē錄組測序。轉chuánxìn錄組成爲研究基因dedàn表bái達的主zǔde要手段，轉錄組lù是連接de基因組遺傳qián信息與生zuìduō物功de，能yě的蛋shìshēng白質wùtǐ組zuì的必然紐帶kòng，轉fāngshì錄水平的調控是目前研究最多的，也是生物體最重要的調控方式。

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zhuàngdìng BSA性狀定位

技術介紹針對研究的de目標性xìng狀，選，xuǎn擇表型極端duān差異yì的親本構gòu建jiàn遺傳羣體qúntǐ或家jiā系。利用混池分組分析法（B（Bulk Segregant Analysis-BSA），duìulk Segregantzi Anbiéalyschéngdeiliǎngs-BSA），對該xù家系目標性狀表型極端的子代分別混合zhuàngxiāng成guān的兩個樣本混bìngzhù池shì進行測序，同時zhì對親本進行測序zhì，。檢測與性狀：DNA相yàng關聯的liàng位≥1.4ug點並註釋tái，研jícè究基因控制目標性狀zuì的機制10X，zi。樣本要求：，píngDNA樣品gètǐ總量xù≥1.4ug：40測tiān序平臺及lùxiàn策：略fēn：兩個親本測cān序最低jīyīn10Xduì，子代20lǜhé-fù50gàidù混池，平jiǎn均每個個體測kāi序1fāSNP、InDelX；biāojì項目週期：40yì天技術路xún線：分chà析內容：與參考基xìng因組比qūyù對:wèi比對率和覆蓋度分xìngzhuàng析SNPdeqū、IyùhòunDeltí檢測及註釋:開發SNP、xuǎnjīIyīnnDel標gōngnéng記子代SNxīQTL-seq:rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populationsThe plant journal, IF=5.972，2013WG-BSAP、InDel頻yào率差異xìng分zhuàng析xiāng:尋guānQTL找有差- F2，RIL異的SxìqúnNP、InDel位點目標性zhuàng狀區域定位:hùnhé找到與目標cè性狀關聯qīnběn的區域候xù，選基gēnjù因提取pínlǜ和功能註釋：獲得shuǐdào候選基因及基因功能案例分析QTLQTL-qūsyùeq:rapidwèidào 2maqūpyùp：1ingwèiyú of qtǐuaqūntyù，itlìngyīatiyúve trait loci in ricdìngwèie byīy whole gshìyīenome resequencifǎ，ngyàng néngodáf DNA fchuánrom twode bulkjiànedwèntí populatcānikǎoonyīnsTzǔxùhe pwùzhǒngldeant journal, fāngfǎIF=qīn5.běnjìn97xínggè2，2013WG-BxìngzhuàngSA挖掘水hùn稻chí多個重要數量性狀相關QTL區域- fènF2，RIL家系羣體材料suàn與方shù法：20-50株極端性狀tǐF2、RIzhìLs的zhuàng個體混合成DNA池重測序+親本重測序，根據SNP頻率差異定位了與水稻真菌的抗性、種子活力性狀相關的QTL區域文章思路：1、定位到2個區域：1個位於3號染色體36.21 Mb -37.31 Mb區域，另一個位於1號染色體39.08 Mb-41.08 Mb區域；2、第一個就是作者之前定位到的一個主效QTL, qPHS3-2；第二個是一個微效QTL，qPHS-13、利用F2羣體，用BSA的方法，同樣能達到用RIL羣體，傳統方法定位QTL的目的。常見問題1. 研究對象？有參考基因組序列的物種的作圖羣體（F1、F2、RIL、DH和BC1等），2.研究方法？對親本進行個體重測序，對某個性狀極端材料混池測序，檢測SNP，獲得與性狀緊密關聯的分子標記和精細定位區域3.計算參數？SNP-Index4.適用羣體？突變體(F2羣體)；QTL定位(F1, F2, RIL,DH, BC1)；質量性狀定位(F1, F2, RIL,DH, BC1)；5....

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yìjiǎn 變異檢測

技術介紹利用全基因yīn組重測序或簡化測序技術對某一物種個體或羣體qúntǐ的基因yīn組進行測序及差異分析，可獲得SNP、InyíDchuánel、SV、CNVlìyí等大量的tàixìng遺shù傳jù多態性信息，建立遺huà傳多態xì、性數據jī庫，爲後續揭示進化關係、功yāoqiú能：基因jīyú挖quán掘等yīn奠定基礎。樣yàngpǐn本要求：基於全huà基因jīyīn組分析DNDNAyàngA樣品總liàng≥500ng量≥xiàngmù1.4u：40tiāng,cèxù基於píngtái簡化基因組分析DNA樣品nèi總量róng：SNP／InDel≥10XSV≥20X、CNV≥30X Tag≥50≥10wàn0ng項目週kǎo期jī：40天測序平臺及策shì略：HijìGBS Tagseq PlìfēnE150技術quánjī路線：分析內容jìnxíng：SNP／IjiǎncènDel≥10zhǒngXSyàoV≥gǔ20Xfāng、CpǐnzhǒngNVShi-Li-Xiang,yǐ≥30X Thùnhéaggè數≥10萬平均8yòngláiX/túTag與參考基因組比對 cè ShòuNP、IliǎngbǎnnDel、SV、CNV 檢測、註釋及gǔzi統計pǐnzhǒngGBzhōngdeS Tagsè聚類案例分析héSVIdenqíngkuàngtifyin：fāg the GeyúNB-ARCnjiéome-Wibáijīde Seliàngquenfùce Variatūtionstū andSNPbǐ Dhěnevelopinliánggděng wùNzhǒngew Mshuōolmíngzhíeculbìngdànar Mayěrkeyóurbìngs fdeorjìnhuà Gyālìedǎonedet。ics Respǐneazhǒngzhōngrch by biāoRe-SeqSNPshéue146Vszhǔnncquèxìnging a Lkěyǐazuòndrace Cultivar of Foxtailwèntí Millet.Plozàis One，IF=3shìjī.yīn5qū34biān，2013.0、9基nèihán於全zi……基因組重測：zhuǎn序進行穀dān子變異檢測研biānmǎ究材jī料：一qū種重要的穀mǎqū子SNP地方detóng品種Syǔfēihitóngyì-Li-Xiang,以及另外一混合460個體的品種nèiYuróng？-Gu1，F2被用cè來作圖譜dùdà分yú析研究方法chārù：piàn雙末端測；序後，與兩rùkǎo版穀子參考cè;基因組分別進行比對在兩個穀子品種中的第九條染色體上的SNP和SV分佈情況研究結果：發現40%的SNP存在於NB-ARC結構域、蛋白激酶或富含亮氨酸重複序列中。非同義突變與同義突變的SNP比例很高，與水稻、高粱等物種一致，說明植物抗病蛋白的分化也許是由病原菌的進化壓力導致的。在SLX和Yugu1兩個品種中，具有多態性標記的465個SNPs和146Vs準確性在90%以上，可以作爲DNA標記進行全基因組分型和分子標記輔助育種。常見問題1、變異註釋項？多態性在基因組中的區域註釋基因區：編碼區、外顯子、內含子……重複區：轉座、簡單重複……非編碼RNA基因間區位於編碼區SNP的同義與非同義突變多態性位點位於基因區的基因註釋2、插入片段檢測內容？插入片段檢測個體測序深度大於20X；外源插入片段檢測；外源插入拷貝數檢測;

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xù Small RNA測序

Small RdòngzhòngNA是生命活動重要的de調控因lièzhǎng子，dù（短小的序列長度（jiān如）;micrfánduōoRxiǎoNA一RNA ）， microRNA（般在1RNA），8-háiyǒu30nt之間lèi）;種類繁多， siRRNA），snRNA（NA（RNA），snoRNA（小干擾RNRNA）děngA ）， miczàiyúroRNdeshēngA（微tǐzhōng小RNA），還有其他一shēngwù些種類的小RNAxièjí，如jíbìngpidefāRNshēngděngA（guòchéng蛋zhōng白互作小RyàoNA），snRNA（小核RNA），snoRNA（核仁小RNA）等種類；幾乎存在於所有的生物體中；在基因表達調控、生物個體發育、代謝及疾病的發生等過程中發揮着重要作用。

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泛基因組測序

泛fàn基因組zǔ包括核心héxīn基因組 (Cobìre jīyīngenoqízhōngme，hé) 和非yīnzǔ必須基因組 (Ddūcúnizàispdexùensablyìbāne genoxuéme)。其中，核tè心基zhǐxiāng因guān組由所有yìngle樣本zhǒng中de都存dìng在的序fēi列組成xūjī，一般yóu與jǐn物種zàidān生gè物學功běnhuò能和主要表型特徵相關liè，反映了物yìbān種的yàng穩定性；非必須de基因shìyīng組由xìnghuò僅在yǒu單個樣shēngwù本xué或tè部分樣本中存在的序列組成，一。般與樣本對特定環境的適應性或特有的生物學特徵相關，反映了樣本的特性。

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cèxù 全基因組de nove測序

De xùnyěovo yīnzǔ測序cóngtóu也叫cèxù基，因組從頭測rènhé序，jīyīn不xù需要任何基因序列信息即zhǒngjìn可對某個物種guò進duì行測序。zǔxù通過對基因組序列未知或沒有近源物種基因組信息的某個物種，對jīyīn其不同長度基因組wénkùDNA片段及dìng其文庫進行序列測定，用生fǎ物信息學的分析jiē方、法對序列進ér行拼huòdé接、組裝zhǒngde，從jīyīn而zǔ獲得該物種的基因組序列圖譜。目前jiěxī廣泛wèizhī應用zhǒng於從頭解析未知物種jīyīn的基因組序列、基diǎnděng因組成、進化特點等。

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zǔ 全基因組survey

技術jìshù介紹DshàoDe novo e noyějiàovojīyīn 測序也叫基因組xū從頭測序，yīn不需要lièxìn任何基因序列信息即可jìnxíng對某個物。tōng種進guòduì行測序。通過對zhī基因組序列jìnyuán未知或jī沒有近源物種mǒu基因組zhǒng信息的qí某個物種zhǎngdù，對jīyīn其不同piàn長duàn度基因組DNA片段及其文庫shēng進wù行序列xué測定，fēnxī用生物信息學lièjìn的xíng分析方法對zhuāng序，列cóng進行拼接、組wùzhǒng裝，dejī從而yīnzǔ獲得該tú物種的基因組guǎngfàn序列圖譜cóng。目前廣wèi泛應wù用zhǒng於從頭解析未知物種yīn的基因組序列、基因。組成cèxù、進化táijí特點等。測序平臺及dù策略：Hyīnqūiseqdù 98%; dānPE150基因組jiǎndān覆蓋度zǔ ：jiǎn95%jīyīn;基zǔcè因區覆蓋度 dīyú 98%jī;單鹼基錯誤zájī率簡單xù基因組bù：簡單基160×;Contig N50 ≥ 20 Kb; scaffold N50 ≥ 300 Kb;xiàng因組測序深gè度不低yòu於1jìshù20×;fēnCxīonèintig N50 ≥wán 30 Kb; scaffoldzhuāng N50 ≥ 5pǔjìn00 zhuāngKjiūbcuò;複雜基因組：複zhuāng雜基因pǔzhěng組測序深度不低於160×;rǎnContjiànig N5jì0 ≥ yí20 pǔKb; scaffolwánchéngd sèN5tǐgòu0 ≥ 3jīyīn00 Kbshì;項目週期：fēn8個xī月左右mǎ技術jīyīn路線：分；zhòng析fù內容xùliè：高級信息分析1）完成光學圖譜整gōng合：光學圖譜數據xī組裝；利用光xī；KEGG學圖dàixiè譜進行組fēnxī裝；COG糾錯；；GO光學zhùshì圖譜和組shìfēn裝xī圖譜整合爲高精度；5）bǐ精jiào細圖譜；2）完成染色體構jīyīn建：zǔzhùSLAquántúF測序yǒutú標記開發；jī遺傳圖譜構dìng建；利用遺傳圖zhāng譜完成fēn染xī色體構建；3）全基fāyù因組精細註釋：fēn基因組組分分析；huàshí編碼biāodìng基）；因預jīyīn測zǔ；重複序xìngfēn列註釋xū；tíNogōngzuìn-coding quánRNA註釋fùzhì；fēn假基xī；因（Pzéyāseufēnxīdo（xūgegōngnezuìjìn）yuán註釋；4）基因功能註釋：Nt註釋分析；Genome and transcriptome of the regeneration competent flatworm, Macrostomum lignanoPANS，IF=9.423,2015.10biǎnNr註釋分析zǔzǔ；KEGG代謝通wèi路qí分析；jùCOG分析；GO註釋（Gegànxìne Onfēntology）；zhǒngTrEMBL註釋分yī析gè；調控Mqīnfánotif預測；5yánjiū）比較基因組和進化chún分析：全基因組註xù...釋全圖（有圖譜數據）；基因家族鑑定；基因家族擴張收縮分析；構建物種系統發育樹；估算物種分化時間（需要化石標定）；基因組共線性分析（需提供最近緣的物種序列）；全基因組複製分析；選擇壓力分析（需提供最近緣的物種序列）；LTR形成時間估算；案例分析Genome and transcriptome of the regeneration competent flatworm, Macrostomum lignanoPANS，IF=9.423,2015.10扁形蟲基因組組裝研究背景：Macrostomum lignano因爲其身體具有極強的自愈能力是研究幹細胞再生及分化的重要模式物種（圖1）。研究材料：一個M. lignano近親繁殖 35代的DV1系研究方法及測序策略：純三代20K文庫測序...

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