zhuàngdìng BSA性狀定位
技術介紹針對研究的de目標性xìng狀,選,xuǎn擇表型極端duān差異yì的親本構gòu建jiàn遺傳羣體qúntǐ或家jiā系。利用混池分組分析法(B(Bulk Segregant Analysis-BSA),duìulk Segregantzi Anbiéalyschéngdeiliǎngs-BSA),對該xù家系目標性狀表型極端的子代分別混合zhuàngxiāng成guān的兩個樣本混bìngzhù池shì進行測序,同時zhì對親本進行測序zhì,。檢測與性狀:DNA相yàng關聯的liàng位≥1.4ug點並註釋tái,研jícè究基因控制目標性狀zuì的機制10X,zi。樣本要求:,píngDNA樣品gètǐ總量xù≥1.4ug:40測tiān序平臺及lùxiàn策:略fēn:兩個親本測cān序最低jīyīn10Xduì,子代20lǜhé-fù50gàidù混池,平jiǎn均每個個體測kāi序1fāSNP、InDelX;biāojì項目週期:40yì天技術路xún線:分chà析內容:與參考基xìng因組比qūyù對:wèi比對率和覆蓋度分xìngzhuàng析SNPdeqū、IyùhòunDeltí檢測及註釋:開發SNP、xuǎnjīIyīnnDel標gōngnéng記子代SNxīQTL-seq:rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populationsThe plant journal, IF=5.972,2013WG-BSAP、InDel頻yào率差異xìng分zhuàng析xiāng:尋guānQTL找有差- F2,RIL異的SxìqúnNP、InDel位點目標性zhuàng狀區域定位:hùnhé找到與目標cè性狀關聯qīnběn的區域候xù,選基gēnjù因提取pínlǜ和功能註釋:獲得shuǐdào候選基因及基因功能案例分析QTLQTL-qūsyùeq:rapidwèidào 2maqūpyùp:1ingwèiyú of qtǐuaqūntyù,itlìngyīatiyúve trait loci in ricdìngwèie byīy whole gshìyīenome resequencifǎ,ngyàng néngodáf DNA fchuánrom twode bulkjiànedwèntí populatcānikǎoonyīnsTzǔxùhe pwùzhǒngldeant journal, fāngfǎIF=qīn5.běnjìn97xínggè2,2013WG-BxìngzhuàngSA挖掘水hùn稻chí多個重要數量性狀相關QTL區域- fènF2,RIL家系羣體 材料suàn與方shù法:20-50株極端性狀tǐF2、RIzhìLs的zhuàng個體混合成DNA池重測序+親本重測序,根據SNP頻率差異定位了與水稻真菌的抗性、種子活力性狀相關的QTL區域文章思路:1、定位到2個區域:1個位於3號染色體36.21 Mb -37.31 Mb區域,另一個位於1號染色體39.08 Mb-41.08 Mb區域;2、 第一個就是作者之前定位到的一個主效QTL, qPHS3-2;第二個是一個微效QTL,qPHS-13、利用F2羣體,用BSA的方法,同樣能達到用RIL羣體,傳統方法定位QTL的目的。 常見問題1. 研究對象?有參考基因組序列的物種的作圖羣體(F1、F2、RIL、DH和BC1等),2.研究方法?對親本進行個體重測序,對某個性狀極端材料混池測序,檢測SNP,獲得與性狀緊密關聯的分子標記和精細定位區域3.計算參數?SNP-Index4.適用羣體?突變體(F2羣體);QTL定位(F1, F2, RIL,DH, BC1);質量性狀定位(F1, F2, RIL,DH, BC1);5....
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